Ситуация такая. Есть Шенген (Испанским визовым центром выданный) на полгода. Жили-то мы в Испании месяц, но летели транзитом через Прагу и туда и обратно. Поэтому у нас виза и открыта и закрыта в Чехии. (Больше в ближайший год никуда не собираюсь вроде...)
Не будет ли проблем при получении визы у испанцев в следующий раз?

Вопрос немного не понятный, а как так получилось, что вам поставили в Чехии печать, если вы там только транзитом были? Печать ставится только по прилету. Но в любом случае проблем быть не должно, ведь виза Шенген.

Чего же тут непонятного? Визу открывают в той стране Шенгена, в которую первой прилетаешь. Дальше переходишь в другой терминал, где вообще нет паспортного контроля, т.к. там рейсы выполняются внутри Шенгена и паспорта там никто не смотрит, и летишь, куда запланировал. Обратно, соответственно, прилетаешь в транзитную страну в беспаспортный терминал и переходишь в другой, где визу закрывают. В моем случае был перелет Москва-Прага-Барселона и назад - Барселона-Прага-Москва. Поэтому в Праге и открывали и закрывали визу. Но в паспорте, как Вы теперь, я надеюсь, понимаете, отметкам о посещении Испании взяться просто неоткуда. Вот я и хотела бы внятного ответа (может у кого какой-то подобный опыт был)...

pill,

Не должно быть проблем, тем более, если визу получали именно под эти билеты. Но на всякий случай сохраните посадочные талоны и ваучер на гостиницу.

Не будет никаких проблем, совершенно неважно, где именно Вы пересекали границу Шенгена. Имею как личный опыт, так и опыт друзей. Причем, некоторые именно въезжали через другую страну, не ту, в чьем консульстве получалась виза. Например, человек, получивший визу в немецком консульстве, ехал сначала в Чехию, проводил там неделю и только потом переезжал в Германию.